Kluster Kebagu di Kota Kinabalu melibatkan kluster tempat kerja di Sekolah Kebangsaan Kebagu serta ahli keluarga dan daerah Papar. Kes indeks merupakan guru wanita, 53, yang disahkan positif COVID-19 selepas menjalani saringan bergejala di klinik swasta pada 03 Mei 2021. Saringan kontak dilakukan terhadap 281 orang termasuk guru, kakitangan serta pelajar di sekolah terbabit kemudiannya mendapati lapan (8) lagi kes positif menjadikan jumlah terkumpul setakat ini ialah 15 kes.